孫中山與章太炎，一個是名聞海內外的革命先驅、推翻中國數千年封建統治的政治領袖，另一個是國學泰斗、章黃學派創始人。但兩人卻多有交集，蓋因章太炎除在國學領域名聞遐邇外，也是清末民初的民主革命家、思想家。

　　戊戌變法失敗後，中國的許多維新政治人物都逃亡日本，一八九九年六月，躲避清廷通緝而流亡台灣的章太炎，應梁啟超的邀請去到日本，梁介紹章太炎與孫中山在橫濱相見，匆匆一面，孫中山卻給章太炎留下了不小的負面印象。章太炎在給朋友的信中說：「斯言即流血之意，可謂卓識。惜其人閃爍不恆，非有實際，蓋不能為張角、王仙芝也。」

　　一八九七年春，章太炎在上海《時務報》看到一則來自路透社的電訊：革命黨人孫中山從清廷倫敦使館獲釋。章太炎馬上詢問梁啟超，方知孫中山「蓄志傾覆滿政府」、「主張革命」，他不由得「心甚壯之」。一九○二年，章太炎因在東吳大學宣傳革命，又遭清廷追捕，第二次流亡日本，其間，孫中山正好旅居橫濱，不久，章太炎與秦力山一道由東京往橫濱，專程拜會孫中山，而孫中山也隔三差五地來到東京，與章太炎相會，共同討論與革命相關的問題，兩人相談甚歡。章太炎甚至用赤帝子比喻孫中山，以形容其為中國革命當之無愧的領袖。一九○六年七月，章太炎因「《蘇報》案」服刑期滿出獄，孫中山自東京派人來迎，章太炎遂踏上第三次流亡日本之路。不久，孫中山自南洋返回日本，兩人久別重逢，分外高興，又都為革命形勢的迅速發展，倍感振奮。其後由孫中山主盟、孫毓筠介紹，章太炎正式加入了同盟會，同盟會又聘他主持機關刊物《民報》，接手《民報》後的章太炎，與改良派戰，與投機分子戰，與立憲黨人戰，文字犀利，針鋒相對，「真是所向披靡，令人神旺」（魯迅語）。後又得汪精衛、胡漢民輔佐，與孫中山發起的革命行動互為呼應，配合默契。

　　一九○七年三月，日本政府驅逐孫中山，孫中山將多數錢款帶往南洋，籌劃在中國南方邊境發動起義，臨行前，只交給章太炎二千元做《民報》的經費，因《民報》經費困難，章太炎認為孫中山所給款額太少，他開始對孫中山的革命道德產生了懷疑，他氣憤地將《民報》報社中懸掛的孫中山像取下，將它寄給同盟會香港分會，附言中還說出這樣的話：「出賣《民報》之孫文，應即撕去。」

　　雙方正式決裂是在一九○八年十月《民報》被日本政府禁止之後。《民報》被禁時附加罰款，日方聲言逾期未交，章太炎就要被罰去做苦工。此事同盟會未予救援，最後反而是章門弟子魯迅等湊錢解決。章太炎、魯迅等人均對這件事感到「很大憤懣」，立誓「此後不再與聞《民報》之事」。不久，孫中山派汪精衛到東京，秘密恢復《民報》，章太炎得知後，認為孫中山欺人太甚，自己受到了莫大侮辱，雙方關係遂正式宣告破裂。

　　一九一一年，武昌起義爆發，章太炎拋棄前嫌，從東京致電滬軍都督陳其美，對孫中山將要回國表態歡迎，孫中山回國後，特意澄清說：「不過偶於友誼小嫌，決不能與反對民國者作比例。」由此兩人不計前嫌，孫中山聘章太炎為總統府樞密顧問。在寫給章太炎的聘函中，孫中山對他作出很高的評價，說他「擷百家之精微，為並世之儀表」，後又稱章太炎為「革命先覺，民國偉人」、「四萬萬人仰為泰山北斗」，孫中山並為章太炎做媒，介紹上海神州女校校長湯國梨，並與黃興等各界名流二千餘人盛裝出席章湯婚禮。

　　一九二四年，章太炎得知孫中山在北京病重，親手開出醫方，託人帶往北京，一九二六年，章太炎在撰寫的《民國五豪讚》中，將孫中山放在「五豪」首位。

　　後中山陵竣工，要寫墓誌銘，大家認為惟有章太炎能夠勝任。章太炎自己亦認為：「其墓誌銘惟我能勝，亦只有我有資格寫，我欲為中山先生作墓誌。」他當仁不讓，揮筆寫下了一篇典雅古樸、凝重練達的《祭孫公文》。可惜的是，當時中山陵建築總監蔣介石沒有使用這篇墓誌銘，而只是將「天下為公」四字刻於亭中。

　　後人評價說，孫中山與章太炎「可謂君子之交，和而不同」。