合併後的FIFA金球獎與原來的歐洲金球獎的最大分別，在於兩者的評選方法不同；因應選票結構改變，FIFA金球獎曾經兩度出現重大爭議，成為兩方再度分家的導火線。

　　FIFA金球獎由記者，以及國家隊隊長和教練投票，各佔三分之一比重，隊長和教練的投票取向十分相近，傾向投給自己球隊的球員、隊友或同胞，無疑令相對較為客觀、中立的記者選票較吃虧，偏偏原來的金球獎就是單由記者評選。

　　2010年度的首屆FIFA金球獎即出現爭議。阿根廷球星美斯在隊長和教練投票中都排第一名，但在傳媒選票中僅得第四；相反，荷蘭球星史奈達成為傳媒眼中的「No.1」，但在隊長和教練中都排「梗頸四」，最終獎座歸美斯所有，史奈達更三甲不入。當年史奈達表現優異，協助意甲的國際米蘭成為「三冠王」，其中在歐聯四強正是淘汰美斯的巴塞隆拿，之後史奈達又助荷蘭打入南非世界杯決賽，只獲西甲冠軍的美斯無疑相形見絀。

　　列貝利憤言充滿政治色彩

　　到了2013年度，該年協助德甲豪門拜仁慕尼黑當上「三冠王」的法國翼鋒列貝利呼聲極高，他在傳媒投票中亦高踞首名，但在隊長和教練投票中卻遭C朗拿度大幅拋離，最終C朗獲獎，列貝利還要排在美斯之後得第三。當時列貝利便憤然說：「FIFA金球獎實在充滿政治色彩，看白禮達（時任FIFA主席）如何擁抱C朗拿度，我就知道他肯定會奪獎！」