現時本港有兩間有機菜認證機構，分別是香港有機資源中心及香港有機認證中心。香港有機資源中心獲政府農業發展基金撥款，主要為本港農場進行認證。香港有機認證中心是香港首個有機認證機構，由香港有機農業生態研究協會主辦及統籌，為內地及香港兩地農場進行認證。
蔬菜統營處的農業發展基金撥款下，香港浸會大學生物系、香港有機農業協會及綠田園基金於2002年12月合辦香港有機資源中心，為農民提供自願性的認證服務。有機資源中心參照國際有機農業運動聯盟制定的準則，向香港有機農場進行認證，確保相關農場工序符合有機耕種和生產的認證標準。現時全港有逾140單位已獲有機資源中心認證為有機農場，涉及的有機食物包括蔬菜、養殖魚類等等。有機資源中心定期進行調查，以監察市場情況。
