南下基金設有不同的收費，投資者在計劃回報時，亦要計入其中。一般的收費包括申購費、贖回費、管理費及託管費。
以南下基金之一的中銀收益混合型證券投資基金為例，其申購費最高為申購額的5%，贖回費用為資產帳戶贖回金額的0.125%，並會每年收取管理費及託管費，分別為基金資產淨值的1.5%及0.25%。值得留意的是，內地同源基金一般的申購50萬元以下基金的費用為1.5%。
以一萬元的計算，若基金一年後賣出，其中需要付的手續金額為687.5元，基金要有約6.9%的年增長，才有望不用蝕手續費離場。
