就四月八日新航管系統主系統的航班數據處理器，因用戶個人設定的總數超出系統預設上限而出現短暫故障，專家小組得悉新軟件程式已於五月十五日順利安裝到新航管系統，並督促民航處繼續密切監察系統的表現和新程式的成效，以確保新程式已徹底解決相關的問題。此外，專家小組經仔細評估後確認，除用戶個人設定外，新航管系統內其他的參數上限遠高於實際使用量，即一般的系統運作不會觸及參數上限而出現狀況。新航管系統亦已有既定的保障機制，在相關的參數達到上限時，會拒絕接納新設定、不能輸入新設定或自動取代舊設定。
對於一些本來獨立於舊航管系統的子系統（例如抵港航機排序系統和航空指揮塔的電子紙條系統），經優化及收納到新航管系統後偶爾出現一些短暫故障，專家小組確認事件沒有影響航空安全，建議民航處督促承辦商與子系統的供應商盡快妥善跟進事件。專家小組認同民航處應繼續按航空安全管理要求為各系統及子系統進行定期維護程序。
