中國海關科學技術研究中心食品安全研究所博士崔鳳雲指出，此次從台灣石斑魚中檢出的孔雀石綠和結晶紫是有毒的三苯甲烷類化學物，具有高殘留、高致癌、高致畸及致突變等特性，對人體健康會產生多種危害。是大陸、台灣地區，以及世界各國禁止使用的藥物。

　　海關總署國際檢驗檢疫標準與技術法規研究中心SPS通報諮詢部副主任李京蕾介紹，去年到今年，大陸海關從多批次台灣石斑魚中檢出禁限用藥物，並及時通報台灣方面，但台灣方面並未予以重視。在多次通報後仍檢出禁用藥物，說明台灣方面未採取改進措施或對輸大陸石斑魚的衛生管理措施針對性不強，沒有起到效果，也說明台灣地區石斑魚養殖藥物安全管理體繫存在嚴重問題。

　　針對民進黨當局稱，大陸暫停台灣石斑魚輸入違反相關貿易規範，李京蕾表示，世貿組織《實施動植物衛生檢疫措施的協議》(SPS協議)規定，「各成員有權採取為保護人類、動物或植物的生命或健康所必需的衛生與植物衛生措施」，海關總署依法暫停台灣石斑魚輸往大陸，有關措施既是大陸法律法規的要求，也是大陸海關職責所在，更是保護大陸消費者身體健康和生命安全的有力措施，十分必要。

　　據台灣媒體報道，台灣2000家石斑魚養殖戶隻有458家合法納管。「養殖黑戶藉殼上船」導致出現問題後難以追查。可見台灣石斑魚養殖和安全衛生管理體繫本身存在嚴重問題，而不單純是島內有些人士所稱的檢測問題。台農業事務主管部門負責人陳吉仲21日坦言，兩岸簽署的《海峽兩岸經濟合作架構協議》(ECFA)把石斑魚列入早收清單，然而輸入大陸的石斑魚養殖戶須獲得許可，因此造成「藉牌」陋規出現。

　　據了解，台灣地區石斑魚養殖九成以上銷往大陸及香港地區。島內輿論認為，台當局找出並解決問題才是應對關鍵，而非以此為藉口激化兩岸矛盾，謀取政治利益。

　　台灣《聯合報》近日就此事發表社論稱，民進黨當局毫無應對措施，只會痛斥大陸「打壓」，以「挺台灣」為名呼籲民眾消費，宣稱「分散出口」。民進黨當局「反陸」策略已進入瓶頸，逐漸變成自傷的回力鏢。