深喉唾液測試的敏感度及準確性一直備受質疑。香港中文大學醫學院研究團隊發現，深喉唾液樣本測試表現遜於其他檢測樣本，假陰性率推算約31%。
現時幾乎只有香港仍主力以深喉唾液測試為市民檢測，好處是減低醫護人員受感染的風險；但壞處是出現假陰性率亦比較高。中大醫學院檢驗了來自50名新冠肺炎患者的563個樣本，以評估深喉唾液測試的檢測效果。與「痰液」及「鼻咽和咽喉拭子」相比，「深喉唾液」樣本的病毒濃度最低；在檢測病毒基因的核酸測試（RT-PCR）中，其陽性比率亦是最低。
在早期（1至5天）、中期（6至10天）和後期（11至15天）採集的樣本中，以及不同嚴重程度的患者中，深喉唾液樣本測試的表現都遜於其他檢測樣本測試。對於沒有痰的患者，假陰性率更可能會高二至三倍。
