圖：在南京毗盧寺內「侵華日軍屠城罪證照片秘藏遺址」，有不少市民遊客駐足悼念。
南京大屠殺期間，還有一些中外人士冒死保存日軍罪證，成為戰後揭露南京大屠殺歷史真相和審判日本戰犯的重要證據。
1937年12月，美國傳教士約翰．馬吉擔任國際紅十字會南京委員會主席和南京安全區國際委員會委員，冒着生命危險，用一台16毫米攝影機秘密地將日寇在南京的暴行拍攝下來，這也是迄今發現的南京大屠殺唯一動態影像。
時任南京國際安全區主席的德國人約翰．拉貝和金陵女子大學舍監程瑞芳則同時採用日記的形式，記錄了日軍在南京的暴行。其中，程瑞芳是第一個以日記形式記錄南京大屠殺的中國人，當時年逾六旬的她將日軍在安全區內所犯的燒殺劫掠姦淫罪行和南京難民遭受的非人待遇，以及自己的心路歷程逐日記錄。
值得一提的是，近年來越來越多的侵華日軍官兵拍攝的相冊被發現，其中很多相冊都記錄了日軍在南京犯下的種種暴行。例如，日軍航空兵伊藤兼男的照片集貼有他1937年7月13日參加侵華戰爭到1938年1月7日到達南京，並在南京生活80天所見所聞的照片，其中一頁有四張照片，皆是日軍屠殺後，在城牆外、護城河邊被遺棄的纍纍屍體的照片。
