稀─本氏衛矛
南郭寺的「稀」指的是傾倒在房頂的本氏衛矛。「本氏」是它的品種，衛矛樹一般是生長在長江流域的矮小灌木，這一類的小灌木最多長到3米左右，而在南郭寺的這棵本氏衛矛卻長成達18米的喬木。相傳是由一位本姓僧人在兩百多年前從南方移植過來的，現時變成了物以稀為貴的寶樹，具有辟邪安宅的作用。
古老─春秋古柏
寺中最古老的當數寺廟中間由青花磚圍起來的，同根三枝的春秋古柏，它由向北傾倒的兩枝以及南邊的一枝所組成，學名側柏。1987年北京園林專家通過測定發現這棵古柏距今有2500年的生長史，與孔子和釋迦牟尼同時期，所以稱之為「春秋古柏」。杜甫的詩句「老樹空庭得」指的便也是這棵古柏，現時這棵古柏仍然生機盎然，不老不枯。
奇─龍爪槐
寺中的「奇」指的是龍爪槐，是一棵槐樹的變種植物，高達12米，樹齡兩百多年。這棵龍爪槐除了長得高，其樹形也很奇特。遊人可以在三個不同的位置觀察出三個不同的動物形象，包括龍、鹿、蛇，如圖中就如一隻盤踞而上的龍，上方的樹枝分為兩個枝杈，好似龍張着的嘴，而前方細散的樹枝像是龍頭上的角，中間的三角形空洞像是眼睛。
