1942年，榮字1644部隊積極配合731部隊共同實施細菌戰浙贛戰役，並提供鼠疫帶菌跳蚤1公斤，浙江義烏崇山村爆發了鼠疫流行。資料顯示，南京榮字1644部隊擔任了這次細菌戰的先鋒。日本學者水谷尚子對留存於日本的記錄以及相關資料進行比較研究，發現並證實導致崇山村災難的元兇為南京榮字1644部隊。
水谷尚子研究表明，1942年，1644部隊帶了86聯隊的護衛兵和22師團及86聯隊軍醫部的人員到鼠疫大流行的崇山村裏檢索病菌，進行屍體和活人體解剖，並將村莊燒毀，這在日中雙方的資料及證言中都是一致的。
水谷尚子在題為《崇山村的鼠疫流行與日本1644部隊》一文中揭示，1644部隊內臨床醫生很少，很難想像他們到崇山村來是為了開展治療活動。1644部隊所能做的，只是為了確定這一細菌是否為自己所撒下的菌，亦很可能將崇山村作為細菌戰的實驗基地。
