客戶申請稅務貸款時，除了要留意實際年利率之外，亦宜細心留意各項收費。當中比較常見的收費，是逾期還款的罰息及手續費，以及提早償還貸款的手續費。
消委會提醒說，客戶成功申請稅務貸款之後，務必準時還款，否則會被銀行或財務公司收取罰息及／或手續費。消委會曾於2013年和2012年對市面上的稅貸計劃展開調查，發現逾期還款的費用多按逾期還款額的月息2%至5%計算，部分另加手續費。一旦逾期還款，除被罰息外，也可能因此影響個人信貸紀錄及妨礙日後其他借貸申請的批核。
此外，銀行及財務公司原則上容許客戶提早償還貸款，但須徵收提早還款的手續費，費用一般為原貸款額或尚欠餘額的1%至2.5%。除了徵收手續費之外，個別機構亦會要求客戶同時支付下一期的貸款利息，或退還成功申請稅貸時所獲取的迎新優惠，變相增加了客戶提早還款的成本。
