作為新興技術，大數據的發展之路並非一帆風順，在通往智慧醫療的路上也充滿了曲折。大數據在醫療領域的發展主要面臨以下挑戰：

　　數據採集及標準化

　　使用大數據技術，首先要有足夠的病人、藥物等相關資訊，這是實現智慧醫療的基礎。然而許多藥企、醫療機構可能因為各種原因不願分享這些資訊。此外，很多新興數據較難採集，如基因資訊、感測器數據等。

　　同時，每家醫院資訊化建設都涉及十幾個甚至幾十個公司的不同產品，而每個公司的數據標準、採集存儲方式都不盡相同。因此，即便是在同一家醫院，也會出現多個資訊系統之間資訊無法分享、系統難以交互的情況，數據標準化問題亟待解決。

　　相關技術人才緊缺

　　大數據的獨特性對傳統的統計方法發出了挑戰，促進了適用於大數據分析的統計方法的發展。當然大數據分析並不僅僅是提取、匯總，由於數據本身的複雜性，使得分析的過程充滿了誤區。這對技術的應用也提出了更高的要求，然而這方面的人才奇缺，如果沒有足夠的技術人才進行處理，數據也將毫無用武之地。

　　患者隱私和資訊安全

　　隨着數據量的不斷增加，對數據備份系統與容災機制都提出了更高的要求，以解決數據的物理安全、黑客入侵、病毒感染等問題。另外，病人的隱私問題也值得關注。在保護病人隱私的前提下，提供足夠詳細的紀錄來支持大數據分析並非易事。