新冠疫情爆發後，來往九龍（紅磡站）及內地的三線直通車（京九、滬九和廣九）暫停已逾兩年。昨日，運輸及房屋局局長陳帆表示，因應內地及本港的高鐵發展，政府、港鐵及內地相關部門正檢視城際直通車的運作，適時會公布結果。
自廣深港高鐵香港段通車後，城際直通車客量便告下跌，2019年初政府曾經透露客量按年大減約三成。
隨着內地高鐵網絡及運力不斷發展與完善，城際直通車的競爭力直接受到衝擊，兩條鐵路線的站點存在重疊狀況，無論在班次頻密程度、車廂設備舒適度、列車運行速度、終點站數量，城際直通車都無法與高鐵比擬，如今剩下的優勢，只是票價較便宜，以及廣九直通車以廣州東站為終點站，交通較廣州南站便捷而已。從善用資源而言，高鐵取代城際直通車是早晚發生的事情。
事實上，取消城際直通車，對提升東鐵線鐵路效率，以及紅磡站站台使用率均有正面作用，且能善用高鐵資源，利用「一地兩檢」優勢，開拓更多線路，促進香港旅遊業發展，締造雙贏。
