大公文匯全媒體報道，「安心出行」已錄得超過800萬次下載，惟近期有部分市民使用時出現問題，「疫苗通行證」二維碼、電子針卡及「康復紀錄二維碼」電子記錄因承辦商出現技術錯誤而被刪除。創新及科技局局長薛永恆今日(6月1日)書面回覆議員查詢時表示，資科辦已向服務承辦商發出警告信，要求承辦商嚴肅處理及加強監察，強調今次事件並不涉及市民個人資料外洩。
薛永恆表示，服務承辦商在5月10日下午4時許推出「安心出行」流動應用程式3.2.4版本時，因組建過程出現技術錯誤，導致部分Android及華為用戶在更新「安心出行」程式至3.2.4版本後其「疫苗通行證」二維碼被刪除。資科辦已即時跟進，並於同日晚上8時在Android及華為的應用程式商店推出3.2.5更新版本修正問題。
薛永恆續指，因應今次事件，承辦商已承諾即時增加檢測程式的人手、加強審視批核流程及內部監管，以保證程式更新的質量及避免同類事件再次發生。另外，進一步要求承辦商往後在推出每一個更新版本前均需在各個平台先推出一個測試版，由承辦商與資科辦內部員工一同進行實際操作測試，以確保更新版的程式運作穩妥後才推出供市民下載及使用。
