落實「一地兩檢」，意味着乘客能在高鐵西九龍站一次過辦理香港和內地的通關程序。離港乘客登車後，就能安坐列車到達國家高鐵網絡連接的所有城市，不需要再在內地接受入境檢查；另一方面，返港乘客亦可自由選擇在國家高鐵網絡任何一個內地車站登車，抵達西九龍站才辦理內地出境和香港入境等通關程序，不受內地車站是否設有通關口岸限制。
特區政府將會採取「三步走」的方式落實「一地兩檢」：
第一步，由內地與香港特區政府達成落實「一地兩檢」的合作安排。
第二步，全國人大常委會通過決定批准及確認。
第三步，兩地各自進行相關程序予以實施，在香港方面將涉及本地立法工作。
「一地兩檢」早有先例，例如在英、法之間及美、加之間亦有類似安排，而香港與內地之間也於2007年起在深圳灣口岸實施「一地兩檢」，十分便捷，受到旅客肯定。
