古兆申在香港推動崑曲發展、研究之外，也改編並創作劇本。
「情不知所起，一往而深。」古兆申曾為浙江京崑藝術劇院改編《牡丹亭》上下本，強調至情可以跨越生死界限，去年在西九戲曲中心上演的「紀念古兆申先生│崑曲《牡丹亭》」，就是古兆申改編的這一版本。
2005年，古兆申為上海崑劇團改編《蝴蝶夢》，他根據清人嚴鑄本改編的台本，以四個演員飾八個角色講述莊子試妻故事，以全新的詮釋手法，融入現代人視角。公演後反應甚佳，各地崑劇團紛紛排演，並曾在美國演出，亦甚受好評。
隨後，古兆申思考為何不能有崑曲版全本《紫釵記》，遂嘗試把崑曲《紫釵記》改成了一個兩晚演出本。劇本完成之後，一直未有劇團排演，後來又把這個本子壓縮為一晚本，亮相2016年「中國戲曲節」開幕演出。他以「紫玉燕釵」為軸，貫穿霍小玉／李益愛情的主題，而人物、情節均依原著，只改動了黃衫客這一人物的設定，「在我的改本裏，我把黃衫客與李益上司劉公濟兩者合為一人。因為《紫釵記》不同於《牡丹亭》的浪漫與超現實，是一齣寫實風格的戲碼，因此人物設定，就要符合當時的歷史情境。」古兆申曾如是說。
