2006年，徐揚生對時任香港中文大學校長劉遵義提出建議，大學進一步發展，需要解決科研的場景、應用、經費，還有很重要的學生資源，必須要打通內地。彼時一河之隔的珠三角作為中國經濟發展「三駕馬車」之一，高校和研所遠低於長三角和京津冀地區。經過多方商議，2014年，香港中文大學（深圳）成立，徐揚生擔任首任校長。
從香港而來，在深圳扎根，香港中文大學（深圳）並非單向引入，而是與香港中文大學有着頻密的雙向聯繫。過去一年，兩校合作項目頻頻推出，其中「跨學科數據分析+X」（X為理學、工程學及商學中由港中大或港中深開設的另一主修）雙主修課程正式招生，成為粵港澳大灣區首個讓學生於深港兩地校園修讀雙主修本科課程的項目。此外，經教育部批准，2024年起港中深將開始招收港澳台學生。
在徐揚生看來，兩校的關係更類似於兄弟，發同一個文憑，學術標準一致，可以互相幫助。但他也表示，立足兩地，兄弟之間也難免會有點競爭，「香港方面有幾十年辦學積累的經驗和規定，而港中深立足深圳，需要遵從內地的辦事規則，面臨的許多情況都是前所未有的，因此需要尊重和包容。」
