任內涉案免起訴

　　2006年，陳水扁夫婦涉及「公務機要費案」，扁因擔任台灣地區領導人，有「刑事豁免權」，暫免予起訴，妻子吳淑珍被起訴。

　　卸任後列為被告

　　2008年5月，陳水扁卸任領導人，檢方特偵組偵辦「公務機要費案」，指扁涉貪污和偽造文書列為被告。

　　涉貪被羈押禁見

　　2008年11月，陳水扁因貪污、洗錢等罪被羈押禁見，成台灣地區首位遭收押的卸任領導人。

　　一審判無期徒刑

　　2009年9月，台北地方法院就「公務機要費」、龍潭購地、南港展覽館、洗錢等案一審宣判，陳水扁及妻子吳淑珍判無期徒刑。

　　二審判20年徒刑

　　2010年6月，台灣地區高等法院針對水扁夫婦等人涉及的扁家四大弊案（「公務機要費案」、龍潭購買土地弊案、南港展覽館招標弊案和洗錢案）做出二審宣判，陳水扁和吳淑珍兩人都由原來一審的無期徒刑改判20年有期徒刑，兩人都褫奪公權10年，全案可上訴。

　　首位入獄前領導人

　　2010年11月，台灣地區最高法院就龍潭購地案收賄作出最終判決有罪，判處陳水扁11年有期徒刑。陳水扁入獄服刑，成為台灣地區首位入獄的前領導人。

　　保外就醫被拒

　　2014年6月，陳水扁透過律師首度申請保外就醫，「法務部」駁回。11月，陳水扁提異議，但台北地院以非管轄法院駁回。

　　獲准保外就醫

　　2014年12月，陳水扁委託律師再度向「法務部」申請保外就醫，擴大醫療鑒定小組三次開會，15名成員建議讓陳水扁保外就醫。2015年1月，「法務部矯正署」開會審核後，決定讓陳水扁保外就醫。

　　涉違反保外規定

　　2015年至今，陳水扁多次獲得保外就醫延期。但保外就醫期間，曾參加公開活動，涉嫌違反相關規定。

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