城際直通車有三條路線，廣東線來往紅磡與廣州東，上海線來往紅磡與上海，北京線來往紅磡與北京西，在香港境內與東鐵線共用同一路軌，當行走經過時，本地列車需要配合調整，讓它先通過，影響東鐵線列車班次。立法會議員田北辰認為，直通車若停運，對本地交通的好處是減少了共用鐵路的其他列車，騰出的時段，可讓屯馬線及未來的沙中線加密班次。
香港鐵路工會聯合會主席林偉強表示，由於城際直通車在沙田、大埔、火炭等路段，需要與東鐵線共用一軌，導致一旦有城際直通車經過時，東鐵線列車便要讓其先行，延長乘客等待時間。而直通車班次密的時候，每半小時可能就會有一班經過，而且直通車在香港段行走的時速非常低，短短40公里的路程，需要行走90分鐘才到廣州。所以若落實停運，對香港鐵路整體運作，能起更暢通的作用。
