回歸二十三年來，內地與香港特區在衞生領域開展了一系列合作與交流，特別是在傳染病防治合作方面有了突破性的進展。內地與香港建立傳染病信息共享機制，重大傳染病及時通報，常規傳染病定期通報，並加強病原檢測和病毒溯源研究，開展防控技術和實驗室檢測合作。
2003年春天的一場沙士疫情給香港帶來重創。港府公布一連串緊急措施，訂立相關法例，撥出專款幫助市民渡過難關。全港市民與沙士展開「生死時速」的賽跑。
時任國務院港澳事務辦公室常務副主任陳佐洱介紹，在了解香港前線醫護人員緊缺後，內地衞生部門從沒有發生沙士的地區抽調了200名護士，集中訓練，以熟悉香港醫院的管理規則，前後待命兩個月，時刻準備馳援香港。
內地和香港醫學界的高層互訪也帶動了全方位的交流。1997年以來，雙方每年互派十餘批高級別代表團，開展坦誠務實交流。2002年，內地與香港、澳門特區政府協商，建立三地衞生行政高層聯席會議機制。此外，特區衞生行政部門負責人每年亦隨國家衞生代表團參加世界衞生組織大會及其他國際組織的各類會議。
