居港權爭議
1999年1月29日，終審法院就「吳嘉玲案」宣判，裁定所有香港永久居民在中國內地所生子女，不論有否單程證，不論婚生或非婚生，不論出生時父或母是否已經成為香港居民，均擁有居港權。特區政府認為終審法院對基本法有關條文詮釋與立法原意不符，有可能導致逾百萬人湧港。同年5月18日，時任行政長官董建華向國務院提交報告，要求國務院協助提請全國人大常委會釋法。至6月26日，全國人大常委會釋法列明，港人在香港以外所生子女，如父母雙方或其中一人在他們出生時是香港永久性居民，才有居留權。
特首普選爭議
2004年，政府推動政制改革。當時社會就特首立法會雙普選，以及特首產生辦法出現爭議。部分人認為修訂政改方案只需經本港立法會、特首批准、呈報全國人大常委會批准或者備案三個程序就完成。但社會有聲音不認同上述闡述。同年4月26日，第十屆全國人大常委會進行釋法，指明是否需要修訂政改方案，行政長官應向全國人大常委會提出報告，再由全國人大常委會根據香港的實際情況和循序漸進的原則予以確定。
特首任期爭議
2005年3月12日，時任特首董建華在未完成任期就因病辭職。社會出現兩個聲音，一個是下任特首只可履行董建華餘下任期，之後需重新選舉；另一個聲音是下任特首應當成新任，可履行法定的五年任期。同年4月6日特區政府提請釋法，4月27日全國人大常委會釋法，指出下任特首只可履行餘下任期。
國際法律爭端處理疑問
2011年時，一家美國基金在港入稟，要求追討一筆八億元的剛果民主共和國政府債務。本港終審法院主動向人大提請釋法，以釐清本港法庭是否有權處理該宗國際糾紛。至同年8月26日，全國人大常委會釋法指，該案涉及「國家豁免權」事宜，屬中國外交事務，本港法庭無權處理。
立法會宣誓爭議
2016年10月，立法會議員於大會上宣誓就任時，十多名反對派議員包括姚松炎、劉小麗、羅冠聰、梁國雄等人，在宣讀誓詞前後增加內容，而青年新政梁頌恆及游蕙禎更於誓詞中加入粗口及辱華字眼，並展示「HONG KONG IS NOT CHINA」（香港不是中國）標語，被質疑並非真誠宣誓。同年11月7日，全國人大常委會全票通過對香港基本法第104條的解釋，明確了依法宣誓的有關含義和要求，指出宣誓人若拒絕宣誓即喪失就任公職資格，不會獲重新安排宣誓。釋法說明更明確指出，宣揚「港獨」的人沒參選及擔任立法會議員資格，同時要依法追究責任。
