由於香港國安法在香港特區的凌駕性憲制性地位，香港國安公署在香港特區亦具有特定的法定定位，將與香港特區政府維護國家安全委員會並駕齊驅，成為維護特區國家安全的合璧雙劍，共同肩負起維護國家安全的重大使命與並履行法定職責。
香港國安法有關香港國安公署的法定職責規定如下。
第五章 中央人民政府駐香港特別行政區維護國家安全機構
第四十八條 中央人民政府在香港特別行政區設立維護國家安全公署。中央人民政府駐香港特別行政區維護國家安全公署依法履行維護國家安全職責，行使相關權力。
駐香港特別行政區維護國家安全公署人員由中央人民政府維護國家安全的有關機關聯合派出。
第四十九條 駐香港特別行政區維護國家安全公署的職責為：
（一）分析研判香港特別行政區維護國家安全形勢，就維護國家安全重大戰略和重要政策提出意見和建議；
（二）監督、指導、協調、支持香港特別行政區履行維護國家安全的職責；
（三）收集分析國家安全情報信息；
（四）依法辦理危害國家安全犯罪案件。
香港國安公署是中央人民政府在香港特別行政區設立的派出機構，駐港國安公署在維護特區國家安全方面具有法定的權力，駐港國安公署之人員由中央人民政府維護國家安全有關機構聯合派出，駐港國安公署依法辦理處理香港特區有關危害國家安全的犯罪案件，即，駐港國家安全公署在香港擁有執法權。
（香港國安法百問百答之十二）
