圖：新冠疫情肆虐全球，有日本民眾反對繼續舉辦東奧/資料圖片
在疫情防控方面，東京奧組委官員為難地表示，沒有經驗和依據可循，只能摸着石頭過河。全球目前新冠患者已突破3200萬人，日本目前將全球159個國家及地區列入「禁止入境名單」。為能夠在疫情限制下辦奧運進行籌備，日本政府、東京都、東京奧組委9月23日討論外國運動員的出入境管理、檢測體制、境內出行規定的具體方案，將於今年年底內制定對策。
日本從10月起放寬入境限制，允許持長期簽證的外國人入境（包括學生和商務簽證持有者），但遊客除外。不過，由外國入境日本的人員，仍須在指定場所隔離14天。日本政府提出了新方案，即免除奧運參賽外國運動員入境後的觀察期，將時間用於訓練和調整。但同時，除奧運村、比賽場地、訓練場地之外，他們不可前往其他地點，並需要提交在日出行活動計劃及簽署保證書。
除入境檢測外，比賽場地、訓練營、奧運村等都可能設檢測站，具體間隔和次數尚未確定。當局還考慮為運動員發放裝有接觸追蹤應用程式「COCOA」和全球定位系統的手機，運動員外出需乘坐專用車輛，不得使用公共交通工具。政府將在10月前確定「接待指南」，具體規定人員出行路線、住宿酒店內的分區及出現感染者時的應對措施。
近期，歐美體育賽事在嚴格防疫下成功舉行。剛結束的美國網球公開賽，就限制運動員等活動範圍，要求運動員每四天檢測一次，一旦呈陽性反應即放棄比賽資格，主辦單位共做了6500份檢測，陰性率為99.97%。8月的高爾夫AIG英國女子公開賽、美國職業籃球賽NBA等也採取類似防疫措施，或可供東奧防疫借鑒。
