由於旱廁缺乏沖廁系統，可能出現衞生、蚊蟲和臭味問題。食環署在2005年2月至2014年11月期間，推行旱廁改建計劃，分七期將旱廁改為沖水式廁所。此計劃納入了2007/08年度的《施政綱領》，目標是在2012/13年度，完成所有旱廁的改建工程。
審計署2019年報告提到，在旱廁改建計劃下，有441個旱廁改為沖水式廁所，並原址翻新了11個因實地環境限制、而沒有改建的旱廁，涉及開支總額為7.402億元。截至2019年6月，食環署轄下仍有51個旱廁。
食環署最新數據顯示，現時轄下共有27個旱廁，分布在新界及離島區。
