馬達蛋白是一類分子馬達，它們可以沿着合適底物（substrate）的表面移動，利用ATP水解所產生的化學能量轉化為自身的運動。馬達蛋白分為兩大類：微管馬達蛋白和肌球蛋白。微管馬達蛋白有驅動蛋白（Kinesin）和動力蛋白（Dynein）兩個家族；肌球蛋白又稱微絲馬達蛋白。這三類馬達蛋白都是以細胞骨架為路徑來運輸物質，其中肌球蛋白在微絲運輸物質，而驅動蛋白和動力蛋白則在微管上運輸物質。
