根據基本法的明確規定，「司法獨立」是指香港特別行政區法院獨立進行審判，不受任何干涉，司法人員履行審判職責的行為不受法律追究。香港特別行政區成立後，司法獨立始終受到尊重和維護。香港獨立的司法權和終審權是基本法授予的，不是無限的，絕對的，必須受到法律的制約和監督。例如，香港司法機關的管轄權、審判權和適用法律的範圍是有限定的。基本法、香港國安法規定了香港司法機關對國防、外交等國家行為以及特殊情況下的國安案件沒有管轄權，特別行政區國安委作出的決定不受司法覆核。
香港特別行政區享有的司法權要受到中央監督，也受到行政長官和立法會的制衡。全國人大常委會擁有基本法的最終解釋權，終審法院法官和高等法院首席法官的任免須由行政長官徵得立法會同意，並報全國人大常委會備案。香港各級法院法官由行政長官依照法定程式任免，這一權利是實質性的，不允許轉移，不允許架空。香港國安法也明確規定行政長官負責指定法官處理危害國家安全案件。
