城際鐵路作為深圳對外聯繫的重要通道，對灣區交通互聯互通，深莞惠都市圈一體化均具有重要的戰略意義。國家高端智庫CDI資深研究員宋丁表示，深大城際對灣區發展具有多方面的重要意義，包括構建快速交通走廊、完善區域交通網絡、強化大灣區交通協同、推動綠色交通轉型和促進區域經濟均衡發展。通車後，將進一步加強深圳東部與西部、中部之間的快速聯繫，顯著緩解機荷高速、南光高速等主幹道的擁堵壓力，破解跨區通勤瓶頸。
根據深大城際線路規劃，該線路與20條地鐵線路、5條城際鐵路、4條高鐵實現立體換乘，如T4樞紐站是深大城際鐵路全線的始發站，規劃為地下三層島式車站，可形成「航空＋高鐵＋城軌+地鐵」的零換乘體系。五和站可快速通達福田中心區與東莞方向。它串聯起深圳機場T4樞紐、光明科學城、大運樞紐、坪山高新區等戰略節點，形成「交通廊道＋產業走廊」的複合發展軸，助力石岩科創城等新興區域的產業升級。
深大城際的開通還將顯著提升公共交通分擔率，遠期承擔深圳境內各交通組團間客流，可減少碳排放。同時，線路採用全自動駕駛技術與節能型車輛，較傳統軌道交通降低能耗，引導更多市民選擇公共出行，優化城市出行結構。
