在原大總部、大軍區時代，解放軍總後勤部直轄一批重點醫院、醫學院、軍醫大學。各軍兵種、七大軍區也有各自的醫院體系，如北京軍區總醫院、海軍總醫院等。
軍改後，原總後勤部所屬的各大醫院劃歸新組建的聯勤保障部隊。武警總醫院、海軍總醫院、陸軍總醫院等，均併入聯勤部隊直轄的解放軍總醫院，改為第三、第六、第七醫學中心。空軍、火箭軍、戰略支援部隊總醫院則保持獨立，改稱為相應的軍種特色醫學中心。軍事醫學科學院併入軍事科學院，重組為軍事醫學研究院。
其餘醫院分屬聯勤保障部隊下轄五個聯勤保障中心，分別位於五大戰區，打破軍種壁壘，統一調配資源，由主要面向陸軍部隊，改為面向戰區內的各軍種部隊提供衞勤保障。如原濟南軍區總醫院，改組為瀋陽保障中心第960醫院。原廣州軍區武漢總醫院改組為中部戰區總醫院，隸屬鄭州保障中心管理。
而各集團軍等一線作戰部隊，仍保留一些直屬醫院，如解放軍第98醫院改為陸軍第72集團軍醫院，第251醫院改為第81集團軍醫院。
