圖：清宮御藥房藥櫃、藥袋\故宮博物院
「太醫院」之名始於八百多年前金代。明、清太醫院設於北京大明（清）門內東廊禮部衙門後，即現東交民巷西端路南。太醫院為正五品衙門（司局級機構），編制共九十二人。「院使」即院長一人，正五品；左、右「院判」即副院長二人，正六品；其下為「御醫」、「吏目」、「醫士」和「醫生」。
太醫院所有人員都「專科肄業」，即受過系統醫學教育。院中醫術分科與近現代醫學大致相同，包括大方脈（成人內科）、小方脈（兒科）、婦人（婦科）、瘡瘍（皮外科）等科。光緒末年，太醫院使張仲元奏請開辦醫學堂，教學內容中西醫兼備，並及算學、生理、英文、理化；培養學生德、智、體並重；學制分五年中學班加八年高等班。這些未及實行，幾年後清朝便已結束。
清代太醫院有在各宮內侍值的「宮值」，在皇帝居處的乾清宮、太后居處的慈寧宮等六處宮院之外待命的「六值」。坤寧門裏西廡北端，為最大太醫值房──乾清宮值房。乾清宮東五所之一的壽藥房，是宮中最大藥材專庫。
