圖：台當局行政機構負責人陳建仁還沒正式上任，已引發諸多爭議。\中央社

　　留後路領高薪

　　陳建仁出任台當局行政機構負責人，卻沒有辭去「中研院」基因體研究中心特聘研究員的職務，所以是「借調」至台當局。國民黨批評陳建仁走「借調」之路，其實是預留後路、隨時走人，能回「中研院」續領高薪。

　　「新瓶裝舊酒」

　　此次行政機構團隊改組有很多舊的部會首長留任，外界批評台當局「新瓶裝舊酒」，無心悔過，根本就是「看守內閣」。

　　涉抄論文醜聞

　　台當局行政機構副負責人鄭文燦被揭發抄襲論文，被台灣大學撤銷碩士學位。台當局行政機構負責人陳建仁於2007年也涉及論文抄襲。據說，陳建仁掛名投書國際知名期刊《Cancer》，被期刊編輯指稱「涉嫌抄襲」，當時他自行請辭「國科會主委」，台灣大學醫學院學倫會也證實他抄襲。

　　涉嫌政治分贓

　　國民黨批評，民進黨當局行政機構改組非常平庸且沒有特色，看不出來當局要布局的方向，可能都只是基於民進黨內派系的利益進行政治分贓。

　　死抱「台獨」路線

　　涉及兩岸關係的相關部門負責人留任，可見民進黨當局並無意改變「親美抗中」的「台獨」路線。輿論批評民進黨當局不改善兩岸關係，只會令台灣處於更危險的境地。

　　官員能力不足

　　針對新團隊名單，國民黨質疑，內部政務部門負責人林右昌沒有部會首長經歷、也沒當過立委，竟接掌號稱「天下第一部」的「內政部門」。「農委會主委」陳吉仲近年捲入「美國瘦肉精豬肉」爭議和無力解決蛋價、農漁產品外銷問題，但仍獲留任。這凸顯民進黨人才匱乏。

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