第5條：通過全球定位系統（GPS）實施調查
爭議點：只要檢察官同意就可執行，超過2個月才需法院批准，外界擔憂此項規定會被台當局隨意濫用
第9條：涉嫌觸犯本刑3年以上罪行的人可被檢察機關監看隱私空間
爭議點：以高倍數照相機拍攝未經窗簾遮掩的室內，侵犯民眾個人隱私
第14條：實施設備端通信監察，即在網絡設備上安裝單向的截取信息的設備
爭議點：以木馬程式等方式，侵入民眾手機等通訊設備進行監測
第15條：以「安全」為由，情報機關首長就能核發監察書
爭議點：外界擔心台當局將以「國安理由」長期監控民眾
第20條：強制搜索查扣雲端電磁紀錄
爭議點：對於違法搜索、扣押所取得之證據，為兼顧程序正義及發現實體真實，應由法院依比例原則及法益權衡原則，予以客觀判斷
