深港除了透過陸路聯繫兩地機場外，兩地政府正研究興建鐵路連接深港機場，此外，建立深港機場之間的貨物無縫快速中轉通道，是深港機場下一階段的重要工作。

除了陸路聯繫之外，目前，深港兩地政府正研究興建鐵路連接深圳與香港機場的計劃，這一計劃涉及深港兩機場間鐵路三十公里，建成後全程只需二十分鐘，採用「一地兩檢」的模式。這一鐵路建成後，無疑將會成為兩機場間最便捷、最快速的連接途徑，而中轉旅客將會成為最直接的受益者。

此外，跨境碼頭亦提供接駁兩地機場的客運服務，而建立深、港機場之間的「貨物無縫快速中轉通道」，是深港機場下一階段的重要工作。

從二○○七年十一月一日起，深圳寶安國際機場福永碼頭至香港國際機場的值機前移業務開始試運行，深圳在香港設立了城市候機樓，代辦深圳機場始發航班值機服務，並提供配套的跨境巴士服務，這對於吸引香港客源經深圳機場中轉至內地具有十分明顯的效果。

不過，日前本港有學者正式發表研究報告，指出該鐵路的興建並不符合成本效益。