雖然當時的港英政府對阻止鼠疫情蔓延採取強硬措施，但基於多數華人對西醫並不信任，亦不理解衛生當局的防疫方法，對這些措施不願合作。很多貧窮的病患者留在家中沒有接受任何治療，病死後屍體被人在黑夜中拋棄。政府出動英軍及警察，前往疫情集中的地區逐戶入屋搜查，隔離病患及進行消毒；但這樣引來更多不滿。

　　面對疫情，港英政府制定了《香港治疫章程》，共計十二款，根據記載，比較重要的有五條：

　　（5）凡是在鄰近疫區及本局所定界定的地方，本局隨時可以委派人員逐戶探查，判斷室內環境是否潔淨，並檢查有無患疫的人或染疫致死的人。如果屋內污穢不潔，即飭令由本局所委任的接攬灑掃人洗掃潔淨，灑以解穢藥水，除去穢惡之物，如果屋內查有屍骸，則立即將其移葬，倘若有患疫的人，則按照治疫章程將其遷徙到「海之家」醫船或者其他隔離區；（6）凡患疫人的衣服、床鋪等生活用品，除本局所委人員或接攬灑掃人外，別人不得擅動，須待淨除穢惡後，才能重新歸位，有些衣物、床鋪、傢俬等物件，如果經潔淨局人員或醫官看過，覺得不能洗灑除穢，就必須將其焚燒處理；（7）凡是患疫的人家，無論患者死亡與否，都必須對其身體灑以藥水，務必進行消毒，並將所有傢俬、雜物及屋內房間交給本局人員洗掃潔淨，清潔過後方准再入屋居住；（8）凡是醫官認為無法洗除淨盡的房屋，則將屋內物品移送到指定地點，然後再將該屋援例淨洗關閉，沒有本局的命令，任何人不准進入；（9）凡是公私廁所須每日洗灑二次，廁所主人或管廁之人須在廁所內備上生石灰，每次如廁後，須將少許生石灰投入廁中，並將所有木料用水洗潔，本局另派三名人員負責檢查此事。